各地政府通过加快土地资源向土地资本转变，提高土地收益，为城市建设提供了强大资金支持，部分城市成立了土地储备中心专司其职。土地储备贷款相应成为银行新的效益增长点和营销重点，并占据了银行信贷资金相当份额。但是，由于土地储备贷款金额大，政策性强，政府干预成分多，银行管理经验不足，贷款风险相对较大。土地储备贷款主要面临以下风险：
政府信用风险
从借款主体看，大部分土地储备机构虽然工商注册为企业法人，但并没有按公司化规范运作，仅是代表政府负责土地收购、储备、交易等日常事务性工作，不负责对土地资金的安排，缺乏经营自主权，责权不统一，法人治理结构不完善，监督机制不健全，实际属于政府的附属体，作为融资主体，其只是一个承贷的空壳而已；另一方面，政府往往把土地储备贷款当作财政资金管理使用，并没有完全把土地储备贷款用于储备的土地项目，而是用于弥补其他城市建设资金；对于拍卖的储备土地款项，政府也未及时用于归还贷款，仅仅向银行承诺安排财政资金还贷，而这些承诺又往往不能完全兑现，对于赤字财政更是一纸空文。因此，政府信用风险是土地储备贷款的直接风险。
政策性风险
国家加大了对房地产市场和土地市场整治、规范力度，人民银行《关于进一步加强房地产信贷业务管理的通知》明确限制了对房地产开发企业、施工企业的贷款投入，国务院、国土资源部2004年也先后出台了《关于深入开展土地市场治理整顿严格土地管理的紧急通知》 、 《关于贯彻落实国务院紧急通知精神进一步严格土地管理的通知》 ，加强了对建设用地的审批管理，上收了地、市一级土地部门土地项目审批权限，并暂停农用地转为非农用建设用地的审批。这肯定会影响城市房地产建设规模和土地拍卖进程，甚至可能使储备土地无法拍卖变现，从而影响贷款的按期收回。
法律风险
《中华人民共和国土地管理法》严格禁止未经批准或越权审批建设用地。储备土地必须符合经法定程序批准的城市总体规划、近期建设规划和土地利用总体规划。随着“城市化”步伐的加快，城市郊区大量农用地作为储备土地被征用，其中不乏为当地政府越权审批占用，且土地储备机构取得土地并未实际缴纳土地出让金，仅仅是为了取得贷款而办理了土地过户手续和变更了土地性质，处置土地存在较大的法律风险。另外，外部评估机构受利益驱动，往往是按照借款人的授意根据贷款申请额度对土地价值进行评估，甚至一些地方由国土部门垄断对地价的评估（否则，不予办理抵押登记），导致评估价值远远偏离土地市场价值，银行即使处置抵押物也会造成较大的贷款损失，而现有法律法规对评估机构的责任约束不强，银行也无法向评估机构进行追索。
银行经营管理风险
在审计实践中发现，部分银行发放土地储备贷款未落实抵押，或者抵押物非贷款对应的储备土地；在贷款资金使用方面缺乏有效的掌握控制。他们往往采取与政府、借款人三方签订《土地储备贷款封闭运行协议》 ，《协议》中明确了贷款资金必须专款专用和储备土地处置后优先偿还贷款。但事实上，由于借款人和政府处置土地与银行贷后管理信息不对称，贷款资金转入财政帐户后，银行完全失去对贷款资金的监控，无法保证储备土地处置款和贷款不被挪作他用，而一旦土地储备资金被挪用，就很难按期收回贷款。